La ciudad humana de Zion se defiende de la invasión masiva de las máquinas mientras Neo lucha por terminar la guerra en otro frente y también se opone al agente Smith.
La película cuenta la historia de Irving Rosenfeld, un hombre muy inteligente que, junto con su atractiva compañera Sydney Prosser se ve obligado por un agente del FBI a trabajar en un complicado y peligroso...