La ciudad humana de Zion se defiende de la invasión masiva de las máquinas mientras Neo lucha por terminar la guerra en otro frente y también se opone al agente Smith.
La supervivencia de la humanidad pende de un hilo, pero Beck, un héroe mortal, está decidido a salvar el mundo y a rescatar a su verdadero amor. Para conseguirlo busca la ayuda del poderoso dios...
Cuando Edna, la matriarca anciana y viuda de la familia, desaparece, su hija y su nieta viajan a la remota casa familiar para encontrarla. Poco después de su regreso, comienzan a descubrir una presencia siniestra...